Los competidores del segundo torneo más prestigioso del continente conocieron sus grupos y a sus rivales. En Luque, Paraguay, se llevó a cabo el sorteo de la fase de grupos, en donde los 32 participantes (16 clasificados directamente y los 16 provenientes de la Primera Fase) fueron divididos en ocho grupos de cuatro clubes cada uno.

Los grupos de la Copa Sudamericana 2024:

GRUPO A: Defensa y Justicia, Independiente Medellín, Universidad César Vallejo y Always Ready

GRUPO B: Cruzeiro, Unión La Calera, Universidad Católica (ECU) y Alianza FC

GRUPO C: Internacional, Delfín, Belgrano y Real Tomayapo

GRUPO D: Boca, Fortaleza, Nacional Potosí y Sportivo Trinidense

GRUPO E: Athletico Paranaense, Danubio, Sporivo Ameliano y Rayo Zuliano

GRUPO F: Corinthians, Argentinos Juniors, Racing (URU) y Nacional (PAR)

GRUPO G: Lanús, Metropolitanos, Cuiabá y Deportivo Garcilaso

GRUPO H: Racing, Coquimbo Unido, Sportivo Luqueño y RB Bragantino